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Pour les scientifiques empiristes, les questions ontologiques sont « métaphysiques ». En ce
sens, la position philosophique matérialiste est métaphysique.
Les marxistes opposent généralement métaphysique à dialectique.
Pour Auguste Comte (Cours de philosophie positive (1630-1842), première
leçon : La marche progressive de l’esprit humain), la « marche progressive de l’esprit humain »
passe par trois stades qui sont « l’état théologique, ou fictif ; l’état métaphysique, ou
abstrait ; l’état scientifique, ou positif ». « Dans l’état métaphysique, qui n’est au fond
qu’une simple modification générale du premier, les agents surnaturels sont remplacés par des
forces abstraites, véritables entités (abstractions personnifiées) inhérentes aux divers êtres du
monde, et conçues comme capables d’engendrer par elles-mêmes tous les phénomènes observés, dont
l’explication consiste alors à assigner pour chacun l’entité correspondante. »